ΙΣΤΟΡΙΑ ΣΥΛΛΟΓΟΥ
Η ιστορία του συλλόγου ξεκίνησε ως Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σαντορίνης όπου ιδρύθηκε το 1990 και αναγνωρίστηκε επίσημα στις 13 Ιανουαρίου 1992 από φίλους του μπάσκετ του Πανιωνίου που μένουν μόνιμα στη Σαντορίνη. Αρχικά είχε έδρα τον οικισμό Καμάρι, γι’ αυτό ως το 1997 αναφερόταν ως Γ.Σ. Καμαρίου Θήρας “Πανιώνιος”. Είχε τα κυανέρυθρα χρώματα του Πανιωνίου της Σμύρνης.
Διατηρεί ενεργά τα εξής αθλητικά τμήματα: μπάσκετ, που υπήρξε το αρχικό τμήμα του συλλόγου, και ενεργοποιείται το 2009 το τμήμα του Taekwondo. Παλιότερα λειτούργησαν επίσης τμήματα ενόργανης γυμναστικής, στίβου και ποδοσφαίρου.
Ο Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σαντορίνης κατά το έτος 2014 αγκαλιάζει και φέρνει κοντά του την έταιρη ομάδα του νησιού ‘Α.Σ. Άτλαντας’ .
Από την 01-01-2015 μετά από την συγκατάθεση των ιδρυτικών μελών και για το καλό της ομάδας μετονομάζεται σε Αθλητική Ένωση Σαντορίνης

Τμήμα Καλαθοσφαίρισης
Τα κύρια χρώματα της Αθλητικής Ένωσης Σαντορίνης είναι τα μπλε, κόκκινο και λευκό, μαύρο.
Η Αθλητική Ένωση Σαντορίνης. χρησιμοποιεί ως έδρα της το Κλειστό γυμναστήριο Σαντορίνης Δ.Α.Π.Π.Ο.Σ.

Διατηρεί ενεργά τα αθλητικά τμήματα καλαθοσφαίρισης το οποίο περιέχει τα τμήματα των ακαδημιών, Κορασίδων, Παίδων, Εφήβων και Ανδρών με συνεχής συμμετοχές στα πρωταθλήματα Κυκλάδων μπάσκετ της Ένωσης Σωματείων Καλαθοσφαίρισης Κυκλάδων.

Τμήμα Taekwondo
Ως Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σαντορίνης ενεργοποιήθηκε το 2009 και αγωνίζεται στο Κλειστό Γυμναστήριο Θήρας και από την 01-01-2015 μετά από την συγκατάθεση των ιδρυτικών μελών και για το καλό της ομάδας μετονομάζεται σε Αθλητική Ένωση Σαντορίνης
Το τμήμα του Taekwondo διανύει μία αναμφισβήτητα επιτυχημένη πορεία το Αγωνιστικό Τμήμα του, καταφέρνει να σημειώνει αξιόλογες εμφανίσεις αποσπώντας πολλά μετάλλια. Το σημαντικότερο όμως είναι ότι έχει πετύχει να εδραιωθεί ανάμεσα στους κορυφαίους συλλόγους της Ελλάδος.
Οι αθλητές έχουν την αμέριστη υποστήριξη των οικογενειών τους, οι οποίοι μέσα από το συγκεκριμένο αθλητικό όχημα και δράση αναζητούν κοινό τόπο για την εξέλιξη της επόμενης γενιάς. Το παραπάνω σχήμα με μοναδικό όπλο τα ψυχικά αποθέματα σε μία εποχή αυξημένων, ίσως και «αόρατων» κοινωνικών και οικονομικών εμποδίων, συνεχίζει την ανοδική πορεία του και μας διδάσκει την αφοσίωση, την συνεργασία, την ομαδικότητα, τον σεβασμό και την προσήλωση στο στόχο.
Αποτελεί ίσως μία από τις πιο σπουδαίες πρωτοβουλίες του νησιού για αυτό και φέρνει αποτελέσματα που ξεπερνούν τα γεωγραφικά σύνορα του, που ίσως σύντομα να υπερβεί και τα εθνικά.

Ποδόσφαιρο
Ως Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σαντορίνης είχε συγκροτηθεί ποδοσφαιρική ομάδα όπου παλαιότερα συμμετείχε στο Τοπικό Πρωτάθλημα Σαντορίνης της Ε.Π.Σ. Κυκλάδων. Το 2007-08 ισοβάθμησε στην πρώτη θέση με τον “ΑΟ Θήρα 2005” με 45 β. αλλά έχασε τον τίτλο λόγω χειρότερης διαφοράς τερμάτων. Έτσι έχασε την ευκαιρία να ανεβεί στην Α΄ κατηγορία της Ε.Π.Σ.Κ.

Ενόργανη γυμναστική
Ως Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σαντορίνης είχε λειτουργήσει και τμήμα ενόργανης γυμναστικής.

Στίβος
Ως Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σαντορίνης ήταν μέλος της Τ.Ε. Κυκλάδων του ΣΕΓΑΣ.

ΣΚΟΠΟΣ
Σκοπός της Αθλητικής Ένωσης Σαντορίνης είναι η ουσιαστική συμβολή της στο κοινωνικό σύνολο μέσα από την εκμάθηση του αθλήματος της καλαθοσφαίρισης στους μικρούς αθλητές που απαρτίζουν τις ακαδημίες και τα τμήματα υποδομών της, ούτως ώστε μέσα από την εν λόγω τα μικρά παιδιά της Θηραϊκής και όχι μόνο κοινωνίας, να μάθουν να αγωνίζονται μέσα σε αθλητικά πλαίσια, να επικοινωνούν, να συνεργάζονται, να συμμετέχουν σε μια κοινή ομαδική προσπάθεια και να αθλούνται γνωρίζοντας το άθλημα μέσα από τη μορφή παιχνιδιού και διασκέδασης υπό τις οδηγίες των έμπειρων προπονητών του συλλόγου.

ΣΤΟΧΟΣ
Η Αθλητική Ένωση Σαντορίνης ενώνει ολόκληρο το νησί και σκοπό έχει τη δημιουργία  ενός ενωμένου αθλητικού συνόλου το οποίο θα πρωταγωνιστήσει μέσα στα επόμενα χρόνια διεκδικώντας με αξιώσεις τα Πρωταθλήματα Κυκλάδων καθώς και την άνοδο του στις μεγαλύτερες Εθνικές Κατηγορίες.

ΕΠΙΤΙΜΑ ΜΕΛΗ
Η διοίκηση της Α.Ε.Σ. (τότε διοίκηση Πανιωνίου Γ.Σ.Σ.) το 2014 βράβευσε για την πολυετή προσφορά τους στον σύλλογο τους κ.κ. Μάϊνα Ηλία και Καβαλάρη Ιωάννη δίνοντας τους παράλληλα τον τίτλο του επίτιμου μέλους.